Das BMBF ist nicht nur Geldgeber, sondern auch Partner in der deutschen Bildungs- und Forschungslandschaft. Es stellt alleine oder zusammen mit den Ländern Mittel für unterschiedliche Einrichtungen zur Verfügung. Dazu zählen z. B. die großen Forschungsorganisationen wie die Max-Planck-Gesellschaft. Die Finanzierung umfasst auch Einrichtungen wie das Bundesinstitut für Berufliche Bildung.